Il film narra in forma romanzata la vita della matematica, astronoma e filosofa greca-alessandrina Ipazia , durante l'epoca delle persecuzioni anti-pagane stabilite per legge dai Decreti teodosiani , fino alla sua morte che nel film avviene per mano di un gruppo di parabolani , nel marzo del 415 . Sul finire del IV secolo le tensioni tra cristiani e pagani si accentuano ad Alessandria d'Egitto , dove coesistono una nutrita comunità cristiana e il celebre tempio pagano di Serapide . La tensione sfocia in occasionali episodi di violenza: in uno di questi, lo zelota cristiano Ammonio, dopo essersi esibito dinanzi alla folla in un "miracolo" attraversando incolume un braciere, spinge nello stesso braciere un pagano per dimostrare pubblicamente l'impotenza degli dei pagani. Nel Serapeo , la filosofa Ipazia predica la tolleranza e si dedica alle conoscenze classiche: fisica, filosofia e soprattutto astronomia. Queste riflessioni la portano a dubi